Không lâu từ lúc 13:40 UTC (20:40 giờ Jakarta) trên Ấn Độ Dương, phía nam Java, phi công chuyến bay (cơ trưởng Eric Moody, 51 tuổi, cơ phó Roger Greaves, 32 tuổi, kỹ sư máy bay Barry Townley-Freeman, 40 tuổi) lần đầu tiên ghi nhận một hiệu ứng trên kính chắn gió tạo bởi núi lửa St. Elmo. Hiện tượng vẫn tồn tại sau khi Moody trở về từ nhà vệ sinh. Bất chấp radar thời tiết cho thấy bầu trời rõ ràng, phi hành đoàn bật động cơ chống băng và dây an toàn cho hành khách có dấu hiệu phòng ngừa.

Khi chuyến bay tiến triển, khói bắt đầu tích tụ trong khoang hành khách của máy bay; đầu tiên nó được coi là khói thuốc lá. Tuy nhiên, nó sớm bắt đầu dày hơn và có mùi lưu huỳnh đáng ngại. Hành khách có tầm nhìn về động cơ của máy bay qua cửa sổ lưu ý rằng chúng có màu xanh sáng khác thường, với ánh sáng chiếu về phía trước qua cánh quạt và tạo ra hiệu ứng stroboscopic.

13:42 UTC (20:42 giờ Jakarta), động cơ số 4 Rolls-Royce RB211 bắt đầu tăng vọt và nhanh chóng bốc cháy. Phi công ngay lập tức thực hiện thao tác khoan động cơ, nhanh chóng cắt nguồn cung cấp nhiên liệu và trang bị bình chữa cháy. Chưa đầy 1 phút sau, lúc 13:43 UTC (20:43 giờ Jakarta), 2 động cơ tăng vọt và bốc cháy. Trong vài giây, và gần như đồng thời, các động cơ 1 và 3 đã bốc cháy, khiến kỹ sư Barry Townley-Freeman phải thốt lên: "Tôi không tin rằng nó đã khiến cả bốn động cơ đều ngừng hoạt động!"

Nếu không có lực đẩy động cơ, chiếc 747 có một tỷ lệ trượt khoảng 15: 1, có nghĩa là nó có thể lướt về phía trước 15 dặm cho mỗi dặm nó giảm. Phi công đã nhanh chóng xác định rằng máy bay có khả năng bay trong 23 phút và bao phủ 91 hải lý (169 km) so với mức bay ở độ cao 37.000 feet (11.000 m). Lúc 13:44 UTC (20:44 giờ Jakarta), cơ phó Greaves đã tuyên bố tình trạng khẩn cấp cho trạm kiểm soát không lưu địa phương, nói rằng cả bốn động cơ đều bị hỏng. Tuy nhiên, trạm không lưu Jakarta đã hiểu nhầm, diễn giải cuộc gọi là có nghĩa là chỉ có động cơ số 4 đã ngừng hoạt động. Sau khi một chuyến bay Garuda Indonesia gần đó chuyển tiếp lời nói cho họ, kiểm soát không lưu đã hiểu chính xác thông điệp khẩn cấp. Mặc dù phi hành đoàn "vắt kiệt" thiết lập transponder khẩn cấp 7700, kiểm soát không lưu không thể định vị được chiếc 747 trên màn hình radar của họ.

Do những ngọn núi cao của Indonesia trên bờ biển phía nam của đảo Java, độ cao ít nhất là 11,500 feet (3.500 m) được yêu cầu để vượt qua bờ biển một cách an toàn. Phi hành đoàn quyết định rằng nếu máy bay không thể duy trì độ cao khi họ đạt tới 12.000 feet (3.700 m), họ sẽ quay trở ra biển và cố gắng hạ cánh xuống Ấn Độ Dương. Phi công bắt đầu các cuộc tập trận khởi động lại 4 động cơ, mặc dù nằm ngoài phạm vi tối đa của động cơ khởi động trong chuyến bay là 28.000 feet (8.500 m). Các nỗ lực khởi động lại không thành công.

Mặc dù thiếu thời gian, cơ trưởng Moody đã đưa ra một thông báo cho các hành khách được mô tả là "một cái của sự thiếu hiểu biết ":

"Thưa các bạn, đây là cơ trưởng. Chúng tôi có một vấn đề nhỏ. Cả bốn động cơ đã ngừng lại. Chúng tôi đang làm hết sức để khiến chúng hoạt động trở lại. Tôi tin rằng các bạn không quá lo lắng."

Khi áp suất trong cabin giảm xuống, mặt nạ oxy rơi xuống từ trần máy bay - một biện pháp khẩn cấp tự động để bù đắp cho việc thiếu không khí. Tuy nhiên, trên sàn máy bay, mặt nạ của cơ phó Greaves đã bị hỏng; ống đã tách ra khỏi phần còn lại của mặt nạ. Tâm trạng nhanh chóng quyết định hạ xuống ở độ cao 1.800 m mỗi phút đến độ cao nơi có đủ áp lực trong bầu khí quyển bên ngoài để thở gần như bình thường.

Ở độ cao 13,5 feet (4.100 m), phi công đang tiến gần đến độ cao mà họ sẽ phải quay qua đại dương và cố gắng vượt qua rủi ro. Mặc dù đã có hướng dẫn về quy trình hạ cánh trên mặt nước, nhưng không ai từng thử nó trong một chiếc 747. Khi họ thực hiện quy trình khởi động lại động cơ, động cơ số 4 cuối cùng đã khởi động, và vào lúc 14:00 UTC (21 giờ Jakarta), Moody đã sử dụng sức mạnh của động cơ để giảm tỷ lệ gốc. Ngay sau đó, động cơ số 3 khởi động lại, cho phép leo lên từ từ. Ngay sau đó, động cơ 1 và 2 cũng khởi động lại thành công. Sau đó, phi công đã yêu cầu và tiến hành tăng độ cao để bay qua những ngọn núi cao của Indonesia.

Khi máy bay tiếp cận độ cao mục tiêu, hiệu ứng của St. Elmo trên kính chắn gió trở lại. Tâm trạng buồn rầu trở lại; tuy nhiên, động cơ số 2 lại tăng vọt và ngừng hoạt động. Phi hành đoàn ngay lập tức hạ xuống và giữ 12.000 feet (3.700 m).

Khi chuyến 9 đến gần Jakarta, các phi công cảm thấy khó nhìn thấy bất cứ thứ gì qua kính chắn gió và thực hiện phương pháp này gần như hoàn toàn trên các thiết bị, mặc dù có báo cáo về khả năng hiển thị tốt. Các phi công quyết định bay hệ thống hỗ trợ hạ cánh của thiết bị (ILS); tuy nhiên, hệ thống dẫn đường thẳng đứng không hoạt động, vì vậy họ buộc phải bay chỉ với hướng dẫn bên khi cơ phó theo dõi thiết bị đo khoảng cách của sân bay (DME). Sau đó, anh gọi họ nên cao bao nhiêu ở mỗi bước DME dọc theo lối tiếp cận cuối cùng đến đường băng, tạo ra một con dốc trượt ảo để họ đi theo. Tâm trạng mô tả nó giống như "một chút giống như thương lượng theo cách của một kẻ lừa đảo". Mặc dù đèn đường băng có thể được tạo ra thông qua một dải nhỏ của kính chắn gió, đèn hạ cánh trên máy bay dường như không thể hoạt động. Sau khi hạ cánh, phi hành đoàn thấy không thể đi trên đường băng (taxi), do ánh sáng chói từ đèn pha tạp dề làm cho kính chắn gió đã bị đục.